La Communauté de Communes est administrée par un organe délibérant, le « Conseil Communautaire », composé de délégués des Communes membres, selon la répartition suivante : 2 délégués titulaires et 2 délégués suppléants pour chaque Commune.
Le Conseil Communautaire de la Communauté de Communes de Châtillon-Coligny compte donc 24 délégués titulaires et 24 délégués suppléants.

Les règles de convocation du Conseil, les règles de quorum, les règles de validité des délibérations sont celles applicables aux Conseils municipaux et sont prévues dans le Code Général des Collectivités Territoriales.

Le Bureau

Le Bureau est une instance restreinte du Conseil Communautaire et est composé du Président et des 5 Vice-présidents de la Communauté de Communes, lesquels ont été désignés par des délibérations du 10 avril 2008.

Président : M. Alain GRANDPIERRE
Conseiller Général du Canton de Châtillon-Coligny

1ere Vice-présidente : Mme Monique PIOT
Chargée de l’aménagement du territoire et du logement

2ème Vice-président : M. Claude LOISEAU
Chargé des travaux, de la voirie et de l’éclairage public

3ème Vice-présidente : Mme Nicole PEOT
Chargée des équipements culturels et sportifs ainsi que des transports scolaires

4ème Vice-présidente : Mme Lysiane CHAPUIS
Chargée du développement économique et touristique ainsi que de l’aide sociale

5ème Vice-président : M. Jean-Pierre KUNTZ
Chargé de la Communication et de l’information

Les Commissions

Outre la Commission d'Appel d'Offres qui a pour mission d'attribuer les marchés publics, la Communauté de Communes a créé plusieurs commissions d'instruction qui, dans leurs domaines de compétences, émettent des avis, des propositions et concourent à la préparation des travaux qui seront soumis au Conseil Communautaire :

Commission « Finances » :
Président de la Commission : Alain GRANDPIERRE
Membres : Claude LOISEAU, Nicole PÉOT, Brieuc NICOLAS, Gabriel GOLDSCHEIDER, Michèle MERLIN, Chantal ANGEVIN.

Commission « Développement Économique, Touristique & Aide sociale » :
Présidente de la Commission : Lysiane CHAPUIS
Membres : Henri ROUX, Olivier BAILLET, Jacques DALLOYAU, Michèle MERLIN, Françoise DESHAYES, Chantal ANGEVIN, Guy PAYSE, Christian CHEVALLIER, Laurent CLARISSE.

Commission « Travaux, Voirie et Éclairage Public » :
Président de la Commission : Claude LOISEAU
Membres : André PEGUY, Daniel PETITDEMANGE, Maurice OVYN, Patrick LINARD, Patrice GAUVIN, Christian CHEVALLIER, Dominique PERDEREAU, Jean-Pierre TROUCHE, Claude SALIN, Gilbert SAUVAGE, Jean-Luc LEFEBVRE.

Commission « Aménagement de l’Espace et Logement » :
Présidente de la Commission : Monique PIOT
Membres : Christine PASQUET, Brieuc NICOLAS, Henri ROUX, Marc RIBOURTOUT, Christine ROUSSELET, Laurent CLARISSE, Joëlle BARDIN.

Commission « Environnement » :
Président de la Commission : Alain GRANDPIERRE
Membres : Yves BOSCARDIN, André LAGATTU, Yann DUMAS, Michèle MERLIN, Françoise DESHAYES, Christine PASQUET.

Commission « Équipements Culturels et Sportifs & Transports Scolaires » : 
Présidente de la Commission : Nicole PÉOT
Membres : Francis CAMMAL, Daniel PETITDEMANGE, Christèle BÉZILLES, Daniel DEPAUX, Jean-Claude BEETS, Jacques NOTTIN, Monique PIOT, Henri ROUX.

Commission « Communication & Information » :
Président de la Commission : Jean-Pierre KUNTZ
Membres : Isabelle ROBINEAU, Alain HECKLI, Henri ROUX, Olivier ROUBEYRIE, Tracy CHAUSSE, Daniel DEPAUX.

Conseil d’Exploitation du SPANC :
Directeur : Claude LOISEAU
Membres : Christèle BÉZILLES, Alain DEPRUN, Daniel PETITDEMANGE, Patrice GAUVIN, Dominique PERDEREAU, André PEGUY, Gilbert SAUVAGE.

Commission Locale d’Évaluation des Charges Transférées (CLECT) :
Président de la Commission : Alain GRANDPIERRE
Vice-président de la Commission : Pierre CUISINIER
Membres : Lysiane CHAPUIS, Claude LOISEAU, Claude SALIN, Patrick LINARD, Michel LACHEZE, Nicole PAVOL, Chantal ANGEVIN, Gabriel GOLDSCHEIDER, Maurice OVYN, Nicole PÉOT.